Conquistada la plaza por el Rey Alfonso X de Castilla, a petición de su esposa la Reina Violante de Aragón, ordenó la purificación de la mezquita, acto que se llevó a cabo en ocasión de hallarse ambos consortes en esta ciudad.
Después de la obras, la ermita quedó abierta al culto católico en 1271, con la presencia de los Reyes D. Alfonso X de Castilla y Dña. Violante de Aragón, y el padre de esta don Jaime I de Aragón, que se desplazo desde Valencia, lo cual no fue sino in pretexto inventado por el monarca de Castilla, para atraer a su suegro a una entrevista.
Aunque el santuario se levantó en tiempos de Carlos IV, el actual edificio (enclavado en lo alto del barrio más antiguo de la ciudad), data de 1830.
Durante un tiempo, desde el siglo XVII hasta mediados de la primera mitad del XIX, los frailes carmelitas tuvieron instalada una escuela de primeras letras, en este lugar donde edificaron el actual santuario.
En el año 1945 se daba la noticia de que la ermita seria restaurada próximamente, así lo anunciaba el cura párroco de San Nicolas, Francisco Giner, que había convocado en un acto a los vecinos impedidos del barrio de comulgar, en una capilla instalada provisionalmente junto a la ermita que se encontraba destruida y era el pesar de los vecinos y muchos alicantinos.
Así el párroco informaba y agradecía al gobernador Civil Don José María Paternina Iturriagagoitia, que hubiera dispuesto que se iniciaran las obras de restauración.
Es el tempo católico salvaguardado por tres de las cuatro imágenes pertenecientes a la Hermandad: El Descendimiento, en el centro de la misma, junto con el Cristo de Medinaceli y las Virgen de los Dolores. Desde la Plaza en la cual está ubicada la ermita se inicia la procesión celebrada en Semana Santa.
Fuentes:
Ambrosio Ruiz. (2009). La ermita de Santa Cruz. 24/10/2015, de Las Provincias